Program studi magister Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (S2 IAT) Fakultas Ushuluddin dan Humaniora merupakan transformasi dari konsentrasi Tafsir dan Hadis Prodi Ilmu Agama Islam (IAI) yang sebelumnya ada di Pascasarjana UIN Walisongo Semarang. Prodi ini didirikan berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi Agama Islam Kementerian Agama Republik Indonesia No. 5667 Tahun 2014 pada 08 Oktober 2014.
Program studi ini lahir lebih dilatarbelakangi oleh adanya kegelisahan dan keprihatinan sivitas akademika UIN Walisongo dan Pascasarjana UIN Walisongo yang melihat adanya pemahaman al-Qur’an yang cenderung tekstualis-formalistik, tanpa melihat konteks masing-masing ayat, sehingga memunculkan pemahaman yang parsial, subyektif, bahkan dapat memicu dan menumbuh suburkan paham radikalisme dalam Islam. Idealnya pemahaman al-Qur’an harus mampu melahirkan kebijakan yang rahmatan lil alamin, dan membawa kemanfaatan bagi semua manusia.
Oleh karena itu, muncul pemikiran tentang pentingnya mewujudkan prodi ilmu al-Qur’an dan Tafsir. Ilmu al-Qur’an dan Tafsir idealnya dapat menjawab persoalan dan tantangan kehidupan modern akhir-akhir ini. Dimana pembelajaran ilmu al-Qur’an dan Tafsir menggunakan banyak pisau analisis interdisipliner, sehingga kajian tafsir menjadi lebih up date dan ilmiah.
Atas dasar itulah, maka Program Studi Magister Ilmu Al-Quran dan Tafsir ini memiliki tujuan sebagai “Pusat pengkajian dan pengembangan Ilmu Al-Quran dan Tafsir yang lebih membumi, moderat, dan futuristik.†Prodi ini juga diharapkan “menjadi Pusat Humanisasi Ilmu-Ilmu Keislaman yang Unggul dan Kompetitifâ€.